（一）辦公室。組織協調局機關工作，負責公文收發處理、綜合性文件起草、印章管理、機要保密、檔案管理、政務公開、公務接待、上傳下達、檢查督導、會務、人事勞資、機構編制、公車管理、后勤管理、信訪維穩、和新聞宣傳。負責辦理人大代表建議和政協委員提案。

（二）項目規劃股。參與組織編制綜合運輸體系規劃，研究擬訂公路和水路行業發展戰略、投融資政策，組織擬訂公路、水路和運輸樞紐等行業發展規劃、中長期規劃、年度計劃并監督實施。負責鐵路、機場、航電等綜合交通的規劃制定。承擔綜合運輸體系建設有關協調工作。按職責管理權限負責全區綜合交通項目工作。審核專用公路規劃，參與擬訂物流業發展戰略和規劃。承擔公路、水路重點建設項目的前期工作和后期評價工作。負責固定資產投資項目工作。承擔公路、橋梁、隧道收取通行費和站卡設置的協調、管理以及經營權轉讓的行業管理工作。牽頭交通建設扶貧管理工作。承擔公路和水路行業的統計及預測工作。負責公路、水路有關涉外工作。

（三）公路建設管理股（農村公路建設股）。貫徹實施交通運輸行業工程建設政策、制度。負責監督管理指導公路、水路建設項目實施，維護公路、水路建設市場秩序。負責督促、指導、檢查危（?。颉㈦U路、汽車渡口和公路安保工程等公路安全生產情況，編報公路危（?。颉⒐钒脖９こ逃媱?，并督促指導實施。指導公路、水路基礎設施的維護和管理。指導農村公路的公路養護工程計劃編報，并參與督促檢查計劃實施情況。承擔公路、水路建設從業單位和從業人員的信用評價、資質管理工作。承擔重點公路、水路建設工程項目設計文件審查、施工許可審查和竣工驗收。負責對交通建設工程項目的招標投標活動的監督執法。監督重點公路、水路建設工程的工程進度、工程質量、工程造價、工程安全。牽頭交通運輸行業節能減排工作，負責交通綜合統計工作。

（四）安全生產股。指導公路、水路行業安全生產，按規定負責交通運輸應急管理工作，組織擬訂公路、水路安全生產政策和綜合性安全生產、應急管理的相關制度并監督實施，指導交通運輸行業應急處置體系建設。組織實施安全管理目標責任考核、監督檢查和宣傳教育工作。依法組織或參與有關事故調查處理工作。指導汽車客運站和港口、航運安全保衛等工作。負責社會治安綜合治理工作。組織協調重點運輸、緊急客貨運輸和公路、水路聯合運輸，負責交通戰備和國防動員相關工作。負責全區交通運輸行業科技工作和信息化建設，開展相關監測和統計工作，發布有關信息。負責道路交通運輸行業環境保護工作，負責本行業領域職業健康監管工作。

（五）政策法規股（行政審批股）。組織開展交通運輸行業重大政策研究。負責全區交通運輸系統行政審批工作的規范管理。負責承擔區本級交通行政審批事項工作。承擔道路、水路交通運輸市場監管責任，負責全區交通運輸行業的依法行政工作，組織、指導、協調并監督交通系統的行政執法、行政訴訟及有關行政復議工作，開展行政執法監督檢查，組織執法人員教育培訓，做好交通法制宣傳等工作。組織擬訂交通運輸行政執法裝備標準規范并監督實施，管理交通運輸執法證件。負責全區船舶（含漁業船舶）檢驗工作，參加海損、機損事故的調查和技術鑒定工作，負責全區船舶技術檔案的建立和管理工作，負責全區船舶噪聲污染防治工作。指導交通運輸行業特許經營管理，會同有關部門組織實施交通運輸行業職業資格管理工作。指導城鄉客運及出租汽車行業管理工作。

（六）財務審計股。負責全區交通運輸行業財務會計、統計工作的指導、協調服務和監督。負責全區交通規費征收管理工作，會同有關部門制定運輸價格。指導交通運輸行業審計工作，組織擬訂交通運輸行業審計工作制度并監督實施。依法審計本部門及下屬單位的財務收支及其他經濟活動。承擔交通工程建設項目的審計及監督工作。負責交通建設基金籌集管理工作。負責國有資產的管理和保值、增值的監督，負責直屬單位國有資產的監管和經營性交通基礎設施國有產權管理工作，負責收費公路的行業管理和交通資金使用監管工作。建設和管理交通運輸行業財會信息網絡系統。編報交通資金綜合使用計劃，組織局本級會計核算、匯編交通行業各項財務會計報表，對政府投資類項目開展部門內審。

機關黨委。負責機關和直屬事業單位的黨群工作。機關黨委辦事機構由區交通運輸局黨組按照區委規定設置。