區水利局設下列內設機構：

（一）辦公室。承擔宣傳、貫徹、執行水利法律、法規和方針、政策。負責辦公運行、信訪維穩等工作。組織實施河長制工作，監督區有關部門和單位落實河湖管理保護工作。指導規定權限內的安全生產、職業健康和質量監督工作。負責水利國有資產的監督管理工作。

（二）項目計劃和財務股。負責編制全區水利行業建設項目資金計劃，并對水利資金的使用進行監督管理。負責水利行業經濟運行及效益分析。擬訂水利行業經濟調節措施。提出有關水利價格、收費、稅收的政策建議。

（三）水利和水土保持股（移民股）。承擔大中型水利工程建設管理與大中型水庫移民安置和后期扶持工作。負責區級管理的水利工程建設管理和防汛工作。負責河道砂石資源管理工作。負責全區水土保持預防監督管理工作。指導全區小型水庫建設管理和江河、湖泊的防汛工作。指導全區農村飲水安全工程的建設管理。指導全區水利工程建設的招投標工作。指導全區水利信息化規劃、建設、管理工作。組織實施鄉村振興戰略水利保障工作。組織并監督水利行業技術、質量標準和規程、規范及強制性條文實施。負責落實綜合防災減災規劃相關要求，組織編制并實施洪水干旱災害防治規劃和防護標準；承擔水情旱情監測預警工作；組織編制區內重要江河湖泊和重要水利工程的防御洪水、抗御旱災調度和應急水量調度方案，按程序報批并指導實施。

（四）水政和水資源股（行政審批股）。負責權限內的取水許可、涉河建設方案許可、洪水影響評價和水土保持方案等的審批工作。負責水政監察和水行政執法，指導協調水事糾紛的處理。負責有關行政復議和行政訴訟應訴工作。負責水資源保護工作。指導飲用水水源保護工作，指導地下水開發利用和城市規劃區地下水資源管理保護工作。組織擬訂水量分配方案并監督實施。

機關黨委。負責機關和直屬事業單位的黨群工作。機關黨委辦事機構由區水利局黨組按照區委規定設置。