（一）辦公室。負責文電、會務、機要、檔案、安全、保密、黨群、紀檢、信訪、脫貧攻堅、信息、宣傳、績效管理、政務公開、綜合性文稿起草、史志編纂、醫保教育培訓、隊伍建設、對外合作交流、退休人員工作。承擔機關和直屬單位機構編制、人事管理、財務、國有資產管理和單位預決算等工作。辦理人大代表建議、政協委員提案。

（二）政策法規股。貫徹執行醫療保障法律、法規、規章及政策。擬訂醫保工作中長期規劃。組織實施醫療保障政策和醫療保障待遇標準。推進醫療保障體系建設。負責全區定點醫藥機構管理及服務評價體系建設、醫保協議和支付管理、異地就醫及結算政策、醫保關系轉移接續制度。指導管理全區醫療保障經辦服務。督促經辦機構做好內控管理和風險防范。組織實施醫療救助工作。承擔規范性文件合法性審查、行政復議、行政應訴工作。

（三）價格與監督執法股。組織實施醫保監督管理制度。建立健全醫保安全防控機制和信用評價體系。監督管理納入醫保支付范圍的醫療服務行為和費用，監督規范醫保經辦業務。查處醫保領域違法違規案件。貫徹執行國家、省、市醫療服務價格政策，建立價格信息監測制度。監督管理全區醫藥招標采購工作。承擔全區醫療服務收付費價格、支付方式及險種改革工作。編制全區醫保基金預決算草案。建立健全醫療保障基金監督管理相關制度并組織實施。承擔醫療保障信息化管理大數據基礎建設和數據安全保障。